这里最早时为白水荡,属胡逗洲、南布洲等沙洲接涨成陆的通吕水脊区东部,盖东布洲北境地,原属南通县。977~984年始为吕四盐场,隶属丰利盐。1024~1032年隶属海门县。自1350年左右到清康熙十一年间,旧海门县四塌四迁,吕四盐场并入通州。1567~1572年间,吕四场有“西连通泰,东极扶桑,北负沧海,南襟长江”之说。嘉庆十一年(1806年)时,倒岸以南已出现一些沙洲。东至黄海为新淤。1870年时,沙洲之间、沙洲与新淤之间尚存夹江。1905年,已出现一片平原。倒岸北是早期开发地区,北至沧海。其中沈公堤以北为盐灶地,秦潭灶地也在其内。
明末清初,秦潭地是个江潮海浪奔驰来往的海口。南端称为寥角嘴,吕四八景之一的寥角嘴分潮就在这个地方。东为孤悬海上的秦潭大河营,南为秦地新港洪,北海滩为海神庙。
古时江海岸变迁的特点是北坍南涨,向东延伸,呈三角形半岛楔入海中。同治光绪年间,江水西移,丁荡、牧圩一带涨连得把秦潭至头甲岸连成一片,从此再也不见头甲岸的寥角分潮了。据一些老人回忆,自民国初期至今,现秦潭以东已塌地30多里。
秦潭之名的由来众说纷纭,至今实无确凿根据来考证其名。现将几种传说略述如下:
一、据通州直隶州志卷七军政志,置海门新义营驻寥角嘴。海防道熊尚文阅兵海门,见寥角嘴半插海中,藏奸甚易,乃置新义营以镇之。明嘉靖中叶设立重镇。清顺治置料(寥)哨军寨四,一屯大河口,一屯寥角嘴,一屯徐稍港,一屯石港,管寨千户各一员,兵各一千(实250人),隶扬州卫指挥统辖。派驻寥角嘴的驻军称巡团,遂演化为秦团。当地方言“巡团”“秦潭”同音。古时秦潭的寥角分潮气势雄伟,吸引不少诗人留下很多诗文。今秦潭之名存而秦潭原址早已坍没海中。
二、从“东到尽头西到街”一口语中而得此名。所谓“尽头”,即指人们一路向东抵达水陆交界处。而这交界处正是此地。大凡由于与“秦潭”音同义异而得名。(吕四方言“尽头”、“秦潭”同音)。
三、相传明朝正德皇帝一次在海上航行,恰遇狂风恶浪,全船人几乎全被淹死。唯有他怀抱独木幸存,随波逐浪飘泊此地,来到一家姓秦的人家,探潭寻找淡水解渴。“秦潭”一名由此传开。
四、清乾隆皇帝一日乘船南下,途经此地,派员上岸寻觅淡水解渴。取其“寻淡”两字为词(与秦潭音同义异)而得名。
秦潭镇是1986年左右被命名的。在这以前,虽不称镇,但称名秦潭的历史较长,而且有一定市面。